No Japão do século XVII, Kamui é um ninja que deve utilizar as suas habilidades para ferir e matar outras pessoas. Porém, quando começa a crescer nele o desprezo por esse tal código de conduta, ele se torna um fugitivo em busca da verdadeira liberdade. Caçado por traição pelos demais ninjas da ordem, Kamui salva a vida de Hanbei, um pescador que lhe oferece abrigo em sua residência como forma de gratidão.



Lá ele descobre o valor da amizade com os moradores e se apaixona por Saiyaka, a filha do pescador. Porém, ao cair em uma armadilha, Hanbei e Saiyaka são assassinados e a raiva e tristeza tomam conta de Kamui, fazendo com que ele parta em busca de vingança.